Published September 2000 | Version v1
Journal article

Radiation hybrid mapping as one of the main methods of the creation of high resolution maps of human and animal genomes

  • 1. Inst. Obshchej Genetiki RAN, Moscow (Russian Federation)

Description

Radiation hybrid mapping (RH mapping) is considered as one of the main method of constructing physical maps of mammalian genomes. In introduction, theoretical prerequisites of developing of the RH mapping and statistical methods of data analysis are discussed. Comparative characteristics of universal commercial panels of the radiation hybrid somatic cells (RH panels) are shown. In experimental part of the work, RH mapping is used to localize nucleotide sequences adjacent to Not I sites of human chromosome 3 with the aim to integrate contig map of Nor I clones to comprehensive maps of human genome. Five nucleotide sequences adjacent to the sites of integration of papilloma virus in human genome and expressed in the cells of cervical cancer involved localized. It is demonstrated that the region 13q14.3-q21.1 was enriched with nucleotide sequences involved in the processes of carcinogenesis. RH mapping can be considered as one of the most perspective applications of modern radiation biology in the field of molecular genetics, that is, in constructing physical maps of mammalian genomes with high resolution level

Abstract (Russian)

Рассматириваются вопросы радиационного (RH) картирования (радиационных гибридов) как одного из основных методов построения физических карт геномов млекопитающих. Во вступительной части обсуждаются теоретические предпосылки создания метода RH-картирования, статистические методы анализа данных. Приводятся сравнительные характеристики унифицированных коммерческих панелей радиационных гибридов соматических клеток (RH-панелей). В экспериментальной части работы метод RH-картирования использован для локализации последовательностей, прилегающих к Not I-сайтам хромосомы 3 человека, с целью совмещения контиговой карты Not I-клонов с интегрированными картами генома человека. Определена локализация пяти последовательностей, прилегающих к местам встраивания вируса папиломы в геном человека и экпрессирующихся в опухолевых клетках рака шейки матки. Отмечена высокая концентрация последовательностей, вовлеченных в процессы канцерогенеза, в области 13q14.3-q21.1. Отмечается, что RH-картирование может рассматриваться как одно из наиболее перспективных приложений современной радиационной биологии в области молекулярной генетики, а именно в построении физических карт геномов млекопитающих с высоким уровнем разрешения

Additional details

Additional titles

Original title (Russian)
Радиационное картирование как один из основных методов построения физических карт геномов человека и животных с высоким уровмен разрешения

Publishing Information

Journal Title
Radiatsionnaya Biologiya, Radioehkologiya
Journal Volume
40
Journal Issue
5
Journal Page Range
p. 520-528
ISSN
0869-8031

Conference

Title
International conference on problems of radiation genetics at the turn of centuries
Original Conference Title
Mezhdunarodnaya konferentsiya po problemam radiatsionnoj genetiki na rubezhe vekov
Dates
20-24 Nov 2000
Place
Moscow (Russian Federation)

Optional Information

Notes
31 refs., 2 figs.