Radiation hybrid mapping as one of the main methods of the creation of high resolution maps of human and animal genomes
Creators
- 1. Inst. Obshchej Genetiki RAN, Moscow (Russian Federation)
Description
Radiation hybrid mapping (RH mapping) is considered as one of the main method of constructing physical maps of mammalian genomes. In introduction, theoretical prerequisites of developing of the RH mapping and statistical methods of data analysis are discussed. Comparative characteristics of universal commercial panels of the radiation hybrid somatic cells (RH panels) are shown. In experimental part of the work, RH mapping is used to localize nucleotide sequences adjacent to Not I sites of human chromosome 3 with the aim to integrate contig map of Nor I clones to comprehensive maps of human genome. Five nucleotide sequences adjacent to the sites of integration of papilloma virus in human genome and expressed in the cells of cervical cancer involved localized. It is demonstrated that the region 13q14.3-q21.1 was enriched with nucleotide sequences involved in the processes of carcinogenesis. RH mapping can be considered as one of the most perspective applications of modern radiation biology in the field of molecular genetics, that is, in constructing physical maps of mammalian genomes with high resolution level
Abstract (Russian)
Рассматириваются вопросы радиационного (RH) картирования (радиационных гибридов) как одного из основных методов построения физических карт геномов млекопитающих. Во вступительной части обсуждаются теоретические предпосылки создания метода RH-картирования, статистические методы анализа данных. Приводятся сравнительные характеристики унифицированных коммерческих панелей радиационных гибридов соматических клеток (RH-панелей). В экспериментальной части работы метод RH-картирования использован для локализации последовательностей, прилегающих к Not I-сайтам хромосомы 3 человека, с целью совмещения контиговой карты Not I-клонов с интегрированными картами генома человека. Определена локализация пяти последовательностей, прилегающих к местам встраивания вируса папиломы в геном человека и экпрессирующихся в опухолевых клетках рака шейки матки. Отмечена высокая концентрация последовательностей, вовлеченных в процессы канцерогенеза, в области 13q14.3-q21.1. Отмечается, что RH-картирование может рассматриваться как одно из наиболее перспективных приложений современной радиационной биологии в области молекулярной генетики, а именно в построении физических карт геномов млекопитающих с высоким уровнем разрешенияAdditional details
Additional titles
- Original title (Russian)
- Радиационное картирование как один из основных методов построения физических карт геномов человека и животных с высоким уровмен разрешения
Publishing Information
- Journal Title
- Radiatsionnaya Biologiya, Radioehkologiya
- Journal Volume
- 40
- Journal Issue
- 5
- Journal Page Range
- p. 520-528
- ISSN
- 0869-8031
Conference
- Title
- International conference on problems of radiation genetics at the turn of centuries
- Original Conference Title
- Mezhdunarodnaya konferentsiya po problemam radiatsionnoj genetiki na rubezhe vekov
- Dates
- 20-24 Nov 2000
- Place
- Moscow (Russian Federation)
INIS
- Country of Publication
- Russian Federation
- Country of Input or Organization
- Russian Federation
- INIS RN
- 32053896
- Subject category
- S63: RADIATION, THERMAL, AND OTHER ENVIRONMENTAL POLLUTANT EFFECTS ON LIVING ORGANISMS AND BIOLOGICAL MATERIALS;
- Resource subtype / Literary indicator
- Conference
- Descriptors DEI
- BIOLOGICAL MARKERS; CARCINOGENESIS; CHROMATIC ABERRATIONS; CLONE CELLS; GAMMA RADIATION; GENETIC RADIATION EFFECTS; GENOME MUTATIONS; HUMAN CHROMOSOMES; HYBRIDIZATION; MAMMALS; MAPPING; NUCLEOTIDES; RADIATION DOSES; STRAND BREAKS
- Descriptors DEC
- ANIMALS; BIOLOGICAL EFFECTS; BIOLOGICAL RADIATION EFFECTS; CELL CULTURES; CHROMOSOMES; DNA DAMAGES; DOSES; ELECTROMAGNETIC RADIATION; GENETIC EFFECTS; IONIZING RADIATIONS; MUTATIONS; ORGANIC COMPOUNDS; PATHOGENESIS; RADIATION EFFECTS; RADIATIONS; VERTEBRATES
Optional Information
- Notes
- 31 refs., 2 figs.