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AbstractAbstract
[en] Magnetic resonance imaging (MRI) is one of the most powerful and safest imaging modalities for examining the human body. High-resolution MRI is expected to aid in the understanding and diagnosis of many neurodegenerative pathologies involving submillimetric lesions or morphological alterations, such as Alzheimer's disease and multiple sclerosis. Although high-magnetic-field systems can deliver a sufficient signal-to-noise ratio (SNR) to increase spatial resolution, long scan times and motion sensitivity continue hindering the utilization of high resolution MRI. Despite the development of corrections for bulk and physiological motion, lengthy acquisition times remain a major obstacle to high-resolution acquisition, especially in clinical applications. In the last decade, the newly developed theory of compressed sensing (CS) offered a promising solution for reducing the MRI scan time. After having explained the theory of compressed sensing, this PhD project proposes an empirical and quantitative analysis of the maximum undersampling factor achievable with CS for T2 *-weighted imaging. Furthermore, the application of CS to MRI commonly relies on simple sampling patterns such as straight lines, spirals or slight variations of these elementary shapes, which do not take full advantage of the degrees of freedom offered by the hardware and cannot be easily adapted to fit an arbitrary sampling distribution. In this PhD thesis, I have introduced a method called SPARKLING, that may overcome these limitations by taking a radically new approach to the design of k-space sampling. The acronym SPARKLING stands for Spreading Projection Algorithm for Rapid K-space sampling. It is a versatile method inspired from stippling techniques that automatically generates optimized non-Cartesian sampling patterns compatible with MR hardware constraints on maximum gradient amplitude and slew rate. These sampling curves are designed to comply with key criteria for optimal sampling: a controlled distribution of samples and a locally uniform k-space coverage. Before engaging into experiments, we verified that our gradient system was capable of executing the complex gradient waveforms. We implemented a local phase measurement method and we observed a very good adequacy between prescribed and measured k-space trajectories. Finally, combining sampling efficiency with compressed sensing and parallel imaging, the SPARKLING sampling patterns allowed up to 20-fold reductions in MR scan time, compared to fully-sampled Cartesian acquisitions, for T2 *-weighted imaging without deterioration of image quality, as demonstrated by our experimental results at 7 Tesla on in vivo human brains. In comparison to existing non-Cartesian sampling strategies (spiral and radial), the proposed technique also yielded superior image quality. Finally, the proposed approach was also extended to 3D imaging and applied at 3 Tesla for which preliminary results on ex vivo phantoms at 0.8 mm isotropic resolution suggest the possibility to reach very high acceleration factors up to 60 for T2 *-weighting and susceptibility-weighted imaging. (author)
[fr]
L'imagerie par resonance magnetique (IRM) est l'une des modalites d'imagerie les plus puissantes et les plus sures pour examiner le corps humain. L'IRM de haute resolution devrait aider a la comprehension et le diagnostic de nombreuses pathologies impliquant des lesions submillimetriques ou des maladies telles que la maladie d'Alzheimer et la sclerose en plaque. Bien que les systemes a haut champ magnetique soient capables de fournir un rapport signal-sur-bruit permettant d'augmenter la resolution spatiale, le long temps d'acquisition et la sensibilite au mouvement continuent d'entraver l'utilisation de l'IRM de haute resolution. Malgre le developpement de methodes de correction du mouvement et du bruit physiologique, le long temps d'acquisition reste un obstacle majeur a l'IRM de haute resolution, en particulier dans les applications cliniques. Au cours de la derniere decennie, la nouvelle theorie du compressed sensing (CS) a propose une solution prometteuse pour reduire le temps d'examen en IRM. Apres avoir explique la theorie du compressed sensing, ce projet de these propose une etude empirique et quantitative du facteur de sous-echantillonnage maximum realisable grace au CS pour l'imagerie ponderee en T2 *. En outre, l'application de CS en IRM repose generalement sur l'utilisation de courbes d'echantillonnage simples telles que les lignes droites, spirales ou des legeres variations de ces formes elementaires qui ne tirent pas pleinement parti des degres de liberte offerts par le hardware et ne peuvent etre facilement adaptees a une distribution d'echantillonnage arbitraire. Dans cette these, j'ai introduit une methode appelee SPARKLING, qui permet de surmonter ces limitations en adoptant une approche radicalement nouvelle de la conception de l'echantillonnage de l'espace-k. L'acronyme SPARKLING signifie Spreading Projection Algorithm for Rapid K-space sampLING. C'est une methode flexible inspiree des techniques de stippling qui genere automatiquement, grace a un algorithme d'optimisation, des courbes d'echantillonnage non-cartesiennes optimisees et compatibles avec les contraintes hardware de l'IRM en termes d'amplitude de gradient maximale et d'acceleration maximale. Ces courbes d'echantillonnage sont concues pour repondre a des criteres cles pour un echantillonnage optimal: une distribution controlee des echantillons et une couverture de l'espace-k localement uniforme. Avant de s'engager dans des acquisitions, nous avons verifie que notre systeme de gradient etait bien capable d'executer ces trajectoires complexes. Nous avons implemente une methode de mesure de phase et avons observe une tres bonne adequation entre trajectoires prescrites et mesurees. Enfin, en alliant une efficacite d'echantillonnage avec le compressed sensing et l'imagerie parallele, les trajectoires SPARKLING ont permis de reduire jusqu'a 20 fois le temps d'acquisition d'un examen IRM T2 * par rapport aux acquisitions cartesiennes de reference, sans deterioration de la qualite d'image. Ces resultats experimentaux ont ete obtenus a 7 Tesla pour de l'imagerie cerebrale in vivo. Par rapport aux strategies d'echantillonnage non-cartesiennes usuelles (spirale et radiale), la technique proposee a egalement permis d'obtenir une qualite d'image superieure. Enfin, l'approche proposee a ete etendue a l'imagerie 3D et appliquee a 3 Tesla pour laquelle des resultats preliminaires ex vivo a une resolution isotrope de 0.6 mm suggerent la possibilite d'atteindre des facteurs d'acceleration tres eleves jusqu'a 60 pour la ponderation T2 * et l'imagerie ponderee en susceptibilite.Original Title
L'echantillonnage compressif en IRM: conception optimisee de trajectoires d'echantillonnage pour accelerer l'IRM
Primary Subject
Source
27 Sep 2018; 157 p; 229 refs.; Available from the INIS Liaison Officer for France, see the INIS website for current contact and E-mail addresses; Imagerie et Physique Medicale
Record Type
Report
Literature Type
Thesis/Dissertation
Report Number
Country of publication
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