Le rayonnement cosmique, mis en evidence par Viktor Hess en 1912, est compose de particules chargees, creees et possiblement accelerees dans les restes de supernova, et qui se propagent dans la Galaxie. La mesure des flux du rayonnement cosmique permet de mettre des contraintes sur leurs sources et leur transport, mais aussi de se pencher sur le probleme de la matiere sombre. C'est pour repondre a ces questions qu'a ete construit le detecteur AMS-02, mis en place sur la station spatiale internationale depuis mai 2011. Ce detecteur de haute precision mesure l'ensemble des flux de particules du rayonnement cosmique. Le travail propose dans cette these consiste a estimer le flux de protons avec le detecteur AMS-02. L'accent est mis sur la deconvolution des effets de la reponse en energie du detecteur sur les flux et sur la caracterisation du flux obtenu a haute energie (au-dessus de 200 GeV/n) avec la mise en evidence d'une cassure spectrale. D'autre part, le soleil emet un plasma qui interagit avec les particules du rayonnement cosmique, modifiant les flux issus de la propagation dans la Galaxie. Cette modification evolue dans le temps en suivant le cycle d'activite solaire et est appelee modulation solaire. Dans ce cadre, nous avons obtenu une nouvelle determination robuste des flux interstellaires de protons et d'helium en nous basant sur les donnees recentes du rayonnement cosmique (incluant AMS- 02). Les niveaux de modulation solaire obtenus sont valides avec une seconde analyse realisee a partir des donnees des moniteurs a neutrons, detecteurs au sol, qui permettent d'etablir des series en temps du parametre de modulation depuis les annees 50. (auteur)