De nombreuses evidences observationnelles parvenues de differentes experiences au debut du 20e siecle ont revele que la Terre est constamment bombardee par des rayons cosmiques, des particules de haute energie d'origine extraterrestre. Etant donne que ces particules sont tres energetiques, on pense qu'elles pourraient penetrer profondement dans les nuages moleculaires et ioniser les parties les plus denses de ces objets, ou naissent de nouvelles etoiles. Cela signifie que les rayons cosmiques reglent le niveau d'ionisation qui controle non seulement la chimie des nuages moleculaires mais egalement le couplage entre le gaz et le champ magnetique qui soutient le nuage en contrastant la gravite pendant le processus de formation des etoiles. On remarque que les taux d'ionisation deduits des observations infrarouges et radio sont beaucoup plus importants que la valeur communement citee dans la litterature. Ce desaccord doit mener a une reevaluation du taux d'ionisation dans les nuages, d'un point de vue theorique. Cette tache necessite une meilleure comprehension du transport des rayons cosmiques dans les nuages et, plus important encore, la connaissance de la quantite de rayons cosmiques de basse energie a differentes positions dans notre Galaxie. Le premier sujet a ete etudie dans des documents pionniers des annees 70 et 80, mais il pourrait y avoir de la place pour d'ulterieures ameliorations. En ce qui concerne le deuxieme, on a des connaissances recentes, du moins pour le milieu interstellaire local, grace aux donnees des sondes Voyager. Il n'est cependant pas tres clair si ces donnees pourraient etre considerees comme des valeurs de reference pour la densite des rayons cosmiques de basse energie dans l'ensemble de la Galaxie. L'objectif de ce travail est donc d'etudier la propagation des rayons cosmiques de basse energie dans des environnements neutres et aussi de mieux interpreter les donnees d'observation du taux d'ionisation dans les nuages moleculaires isoles et ceux au voisinage des accelerateurs cosmiques, tels que les restes de supernova. (auteur)