Le developpement des observations multi-longueurs d'onde des noyaux actifs de galaxies permet aujourd'hui d'atteindre une couverture quasi complete de leur rayonnement depuis la radio jusqu'aux plus hautes energies accessibles, du domaine du TeV, par les telescopes Tcherenkov. Les modeles d'emissions de ces sources se trouvent de plus en plus contraints, en particulier pour les blazars ou les scenarios standards de type Synchrotron Self Compton (SSC) a une zone sont regulierement mis en defaut par ce nouveau flot d'informations. Le sujet principal de cette these est l'etude approfondie des blazars dits 'intermediaires' entre les deux categories spectrales depuis longtemps identifiees que sont les BL Lacs et les FSRQs (pour flat spectrum radio quasars). En premiere approche nous menons une etude complete du blazar intermediaire Ap Librae pour lequel nous montrons que la base du jet etendu joue un role tres significatif dans le rayonnement global de la source. Pour cette etude nous presentons le developpement d'un code SSC multi-zones traitant de maniere coherente les interactions radiatives entre les differentes composantes. Nous nous concentrons ensuite sur les caracteristiques radio observees par 'very large baseline interferometry' (VLBI) du jet pouvant etre utilisees pour contraindre efficacement les parametres physiques et geometriques du modele, et deduisons un lien fort entre les nodules radios observes dans le jet et la zone compacte emettant en gamma. En seconde approche nous caracterisons une population de blazars par l'etude des spectres radios, qui a l'instar d'Ap Librae presentent un jet relativement puissant devant l'emission d'une zone compacte SSC. Nous proposons une classification nouvelle des blazars basee sur les proprietes cinematiques des jets VLBI dans un echantillon de 167 sources selectionnees dans la base de donnees de la collaboration MOJAVE. La presence d'une correlation entre la cinematique radio et la classe spectrale met en avant la nature de cette classe intermediaire, dont nous verifions par la suite la coherence dans un scenario d'unification des blazars. Cette these etant egalement au sein de la collaboration du reseau de telescopes Tcherenkov H.E.S.S., nous presentons les resultats d'analyse de sources nouvellement detectees ou tres prometteuses aux tres hautes energies. Nous exposons aussi les developpements recents d'une methode d'amelioration de la precision astrometrique du reseau par le suivi d'etoiles sur les cameras. (auteur)